Stanisław Kostka urodził się w Rostkowie pod Przasnyszem jesienią 1550 roku. Był synem Jana Kostki, kasztelana zakroczymskiego, i Małgorzaty z Kryskich. Ochrzczono go w kościele farnym w Przesnyszu. ego rodzice wychowywali swoje dzieci w atmosferze religijnej, w poszanowaniu zasad chrześcijańskich, zaprawiali je do modlitwy i uczciwości. Stanisław był dzieckiem bardzo pobożnym, skłonnym do wzruszeń, wcześnie rozpoczął pogłębione życie religijne, w którym szczególną rolę odgrywała cześć dla Matki Bożej. Jeżeli ktoś wyrażał się w jego obecności nieprzyzwoicie, wówczas chłopiec bladł, robiło mu się słabo, a nawet mdlał. Pierwsze nauki pobierał mały Stanisław w domu od rodziców, a może też od miejscowego kapelana ich prywatnej kaplicy. Potem kształcił się i wychowywał pod opieką Jana Bilińskiego – przez co najmniej rok. Na dalsze studia rodzice wysłali Stanisława i jego brata, Pawła, do Wiednia, w którym znajdowało się gimnazjum prowadzone przez jezuitów. W grudniu 1565 roku ciężko zachorował. Nagłe uzdrowienie przypisał Matce Bożej, do której miał wielkie nabożeństwo. Po pewnym czasie w sercu Stanisława zrodziła się myśl, aby być jeszcze bliżej Boga i Matki Najświętszej – postanowił zostać zakonnikiem. Ponieważ nie był pełnoletnim, nie mógł natychmiast zrealizować swojego marzenia – potrzebował zgody rodziców, ale jej nie uzyskał.
Po długich i starannych przemyśleniach, w sierpniu 1567 roku, pieszo i w przebraniu, uciekł z Wiednia. Dotarł do Dyllingi w Bawarii i zgłosił się do zgromadzenia oo. jezuitów. Św. o. Piotr Kanizjusz wysłał go do Rzymu, gdzie św. o. Franciszek Borgiasz przyjął go 28 października 1567 roku do nowicjatu.
Mając 18 lat złożył śluby zakonne. Zmarł, uprzednio przepowiedziawszy swoją śmierć, w sierpniu 1568 roku, w święto Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny. Proces beatyfikacyjny zakończył się w 1670 roku, a już w 1726 papież Benedykt XIII kanonizował nowego świętego.
Relikwie św. Stanisława spoczywają w kościele św. Andrzeja na Kwirynale w Rzymie.
Święto św. Stanisława Kostki jest obchodzone w dniu 18 września.