Urodził się 9 marca 1568 roku w rodzinnym zamku Castiglione delle Stiviere niedaleko Mantui we Włoszech. Był pierwszym z ośmiorga rodzeństwa. Początkowe nauki Alojzy pobierał w domu rodzinnym. Mając dziewięć lat udał się do Florencji, aby kontynuować naukę. Już wtedy zdradzał zamiłowanie do modlitwy i zamiast się bawić z rówieśnikami, budował ołtarze. Starał się także prowadzić uporządkowane życie. Chciał opanować odruchy gniewu, charakterystyczne dla rodu Gonzagów. Często się spowiadał. Pewnego dnia w kościele Zwiastowania, przed obrazem Matki Bożej, złożył ślub wieczystej czystości.
W lipcu 1580 roku przyjął pierwszą Komunię św. z rąk św. Karola Boromeusza. 15 sierpnia 1583 roku, na modlitwie przed figurą Matki Bożej Dobrej Rady, słyszy wyraźny głos, że ma wstąpić do jezuitów. Musiał jednak skonfrontować się z planami ojca, który był temu przeciwny. Alojzy wstąpił do nowicjatu jezuitów w Rzymie w listopadzie 1585 roku. Budował wszystkich swoją postawą. Na przełomie roku 1590 i 91 w Rzymie wybuchła wielka zaraza dżumy. Alojzy studiował wtedy teologię. W pewnym momencie chorych było kilkadziesiąt tysięcy, na niewiele ponad sto tysięcy mieszkańców Rzymu. Jezuici pospieszyli z pomocą chorym.
Alojzy Gonzaga oddał się gorliwie tej posłudze, zajmując się najtrudniejszymi przypadkami. Odwiedzał wszystkie szpitale. Pisał do swojej matki i brata, prosząc o wsparcie. W marcu 1591 roku poczuł się źle. Miał świadomość, że się zaraził. Z czasem pojawiła się także gruźlica.
Alojzy zmarł w Rzymie 21 czerwca 1591 roku, mając zaledwie 23 lata. Nie doczekał święceń kapłańskich. Kanonizował go papież Benedykt XIII w 1726 roku.
Jego relikwie spoczywają w kościele św. Ignacego w Rzymie.